最も大きな違いは、収入の得方です。

自営業と会社員で根本的に異なる点は、収入の得方です。
まず会社員はどこかの企業なりに勤務し、その会社から毎月給料が支払われる形になります。一方自営業は、何らかの形で自力で収入を得るスタイルになるので、休めば休むだけ収入額も少なくなってしまうでしょう。
どれだけ仕事を休むかは、会社員の場合会社指定の休日によりますが、自営業の場合は自分で決めることができます。一見自分で休みを決められるのは自由が効くようにも思いますが、その分が収入にも影響するので自己でのスケジュール管理や健康管理等を徹底しなければならないでしょう。
安定した収入が得られるのは会社員と言えるかもしれませんが、企業が倒産したりリストラに遭ったりする可能性もあるので、会社員も自営業もどちらもメリットデメリットはあるのです。

自分でやるか指示に従うか・・・

会社員は会社のルールや上司の指示に従って行動することが重要になってきます。会社の方針に逆らうことなく従順な態度で働ける人が、優秀な会社員というわけです。
その一方で自営業においては、自分の判断ですべて決断して試行錯誤しながらやっていく必要があります。誰も指示を出してくれるわけではなく、自分で考えて行動するのが自営業なのです。
自分でやるか、指示に従うか。これも自営業と会社員の大きな違いと言えるでしょう。
大きな会社になれば職場の人間も多くなり、後輩・先輩・上司とさまざまな人間関係も生まれてきます。自営業は反対で、職場に一人で働いているという人も多く、人間関係でのいざこざが少なくて済むかもしれませんね。